La Cartoteca del CRAI de la Universitat de Barcelona conté, principalment, els diferents fons cartogràfics que es troben en els CRAI Biblioteques de Ciències de la Terra, Filosofia, Geografia i Història, Fons Antic, Pavelló de la República i el Centre de Documentació de Biodiversitat Vegetal (CeDocBiV).
La Cartoteca està formada per la col·lecció de mapes en general, els plànols de ciutats, els atles patrimonials i tot el material cartogràfic antic que forma part del fons patrimonial del CRAI, entre els quals destaquem:
- Els grans atles clàssics (Mercator, Blaeu, Ortelius, etc.) i les cartes nàutiques i celestes impreses a Europa entre els segles XVI i principis del XIX, del CRAI Biblioteca de Fons Antic.
- La col·lecció de plànols i mapes relacionats amb la Guerra civil i el bombardeig de Barcelona que es troben en el CRAI Biblioteca del Pavelló de la República.
- La col·lecció de mapes i plànols digitalitzats que es troben al CRAI Biblioteca de Filosofia, Geografia i Història on cal destacar la trentena de mapes que pertanyen al Mapa topográfico nacional de España 1: 50.000, editats entre els anys 20 i 50.
- La col·lecció de mapes escolars que es troben en el CRAI Biblioteca de Filosofia, Geografia i Història.
- Els mapes temàtics que es poden consultar a través del CeDocBiV, resultat dels estudis centrats en les comunitats vegetals i del paisatge.
- El conjunt de fulls del Mapa de Catalunya (geològic i topogràfic) elaborats entre els anys 1922 i 1941, a escala 1:100 000, a partir d’un projecte iniciat per la Mancomunitat de Catalunya.
El gruix principal, però, està format per:
- Cartoteca de Ciències de la Terra amb un fons aproximat de 10.000 mapes (de tot el món però especialment de Catalunya i de la Península Ibèrica ) i 14.000 fotografies aèries de Catalunya i Aragó.
- Cartoteca de Geografia amb un fons aproximat de 16.000 mapes, 9.500 ortofotomapes i 1.000 atles de tot el món, especialment de Catalunya i Espanya.