Els líquens, tot i que sistemàticament es consideren inclosos dins dels fongs, als herbaris se solen mantenir com a col·leccions a part, ateses les seves característiques.Les mostres es guarden embolcallades en paper fi dins de sobres de paper. Els sobres es guarden ordenats alfabèticament per espècies dins de capses de cartró folrades.
La col·lecció de líquens de l'herbari BCN és de les més importants de la península Ibèrica, tant pel que fa al seu volum com pel que fa a l'àrea geogràfica que cobreix. Comprèn uns 22.000 espècimens, majoritàriament provinents dels Països Catalans i de la regió mediterrània en general, més d'un centenar dels quals corresponen a exemplars tipus.
L'any 2007 el CeDocBiV va acceptar en dipòsit l'herbari del Dr. Josep Mª Egea, catedràtic de Botànica de la universitat de Múrcia. Aquesta col·lecció comprèn més d'11.000 mostres i es conserva a part de la col·lecció general. Actualment ja es pot consultar quins tàxons inclou i quantes mostres hi ha de cadascun.