Ideas sobre la enfermedad mental
Una de las aportaciones más interesantes de Mata se refería a la valoración de las funciones mentales, a las que él mismo llama “razón humana”, tanto desde el punto de vista normal como patológico. Hizo un amplio tratado sobre este tema, en tres volúmenes. Pese al estilo de la época hay bastantes aspectos que todavía podrían estar vigentes y dar pie a desarrollar un pensamiento propio. En esta línea también está el tratado sobre la libertad moral o “libre albedrío”.
Pensamiento médico
La polémica hipocrática y sobre la homeopatía: Mata analizó bastantes aspectos globales de la medicina, siempre con una visión progresista. No pudo encajar en el ambiente conservador de la facultad de Madrid. Uno de los puntos más interés fue su visión, poco positiva, tanto sobre la homeopatía como sobre el hipocratismo, que motivaron polémicas sonadas en el Ateneo de Madrid y, respuestas airadas de sus contrarios.
Pensamiento social y político
Se ha indicado que Mata fue un hombre de pensamiento liberal, democrático en el lenguaje de hoy. Claramente revolucionario en su juventud, lo que le llevó a la prisión y al exilio, dos veces en su periodo en Cataluña. Después, en el tiempo en Madrid (más de la mitad de su vida) ocupando una vez cargos públicos para periodos breves, que le permitieron indagar obras importantes (reforma de la enseñanza, ley de sanidad, creación de los médicos forenses). En tiempo del gobierno general de Prim, colabora con él y después, en el tiempo corto del rey Amadeo, tiene, otra vez, un intenso compromiso político.