Los líquenes, aunque sistemáticamente se consideran incluidos dentro de los hongos, en los herbarios se suelen conservar como colecciones separadas debido a sus características.Las muestras se guardan envueltas en papel fino dentro de sobres de papel. Los sobres se guardan ordenados alfabéticamente por especies en cajas de cartón forradas.
La colección de líquenes del herbario BCN es de las más importantes de la península Ibérica, tanto por su volumen como por el área geográfica que cubre. Comprende unos 22.000 especímenes, mayoritariamente provenientes de Cataluña y de la región mediterránea en general, más de un centenar de ellos corresponden a ejemplares tipo.
El año 2007 el CeDocBiV aceptó en depósito el herbario del Dr. Josep Mª Egea, catedrático de Botánica de la Universidad de Murcia. Esta colección comprende más de 11.000 muestras y se conserva aparte de la colección general. Actualmente, ya se puede consultar que táxones incluye y cuantas muestras hay de cada uno de ellos.