Idees sobre la malaltia mental
Una de les aportacions més interessants de Mata es referia a la valoració de les funcions mentals, la que en diu “razón humana”, tant des del punt de vista normal com patològic.
Va fer un ampli tractat sobre aquest tema, en tres volums. Tot i l’estil de l’època hi ha bastants aspectes que encara poden ser vigents i desenvolupa un pensament propi. En aquesta línia també hi ha el tractat sobre la libertad moral o “libre albedrío”.
Pensament mèdic
La polèmica hipocràtica i sobre l’homeopatia. Mata va analitzar bastants aspectes globals de la medicina, sempre amb una visió progressista. No va poder encaixar en l’ambient conservador de la facultat de Madrid. Un dels punts de més interès fou la seva visió, poc positiva, tant sobre la homeopatia com sobre l’hipocratisme, que van motivar polèmiques sorolloses a l’Ateneu de Madrid i respostes airades dels seus contraris.
Pensament social i polític
S’ha indicat que Mata fou un home de pensament liberal, democràtic en el llenguatge d’avui. Clarament revolucionari en la seva joventut, el que el portà a la presó i l’exili per dues vegades, en el seu període a Catalunya. Després, en el temps a Madrid (més de la meitat de la seva vida) ocupant alguna vegada càrrecs públics per períodes breus, que li permeteren endagar obres importants (reforma de l’ensenyament, llei de sanitat, creació dels metges forenses). En temps del govern del general Prim col·laborà amb ell i després, en el temps curt del rei Amadeu, tingué altra vegada un intens compromís polític.